Omstreeks 1600 – een onrustige tijd in de Achterhoek met plunderende troepen – kwam de kerk in ‘gereformeerde’ handen. Ook de Ettense kerk ontkwam niet aan plunderingen, maar enkele tientallen jaren later was de schade grotendeels hersteld. Een van de eerste predikanten was Ioachimo Grapenitz. Een deel van de kerk werd in 1787 afgescheiden voor onderwijs aan kinderen. De afscheidingsmuren zijn bij de restauratie in de jaren vijftig van de vorige eeuw verwijderd. Een hevige brand in 1841 zorgde ervoor dat het gehele dak van de kerk instortte.
Getroffen door granaten
Tijdens de Tweede Wereldoorlog is in en om de kerk gevochten, waarbij het gebouw zwaar werd beschadigd. De kap werd meerdere keren door granaten getroffen, waarbij enkele gewelven instortten. In de jaren vijftig van de vorige eeuw werd de kerk gedeeltelijk gerestaureerd. De Rijksdienst voor Oudheidkundig Bodemonderzoek (ROB) deed bij die gelegenheid opgravingen met interessante aanwijzingen voor de geschiedenis van de kerk. Op de foto’s hieronder is te zien hoe het interieur van de kerk er toen uit zag. Een paar Ettense mannen zijn samen met het ROB bezig met opgravingen.
Sinds 1996 is stichting Gelderse Kerken eigenaar van de kerk.